STTII Yogyakarta menyediakan bantuan dana pendidikan untuk mahasiswa yang membutuhkan. Bantuan dana pendidikan dimaksudkan agar para mahasiswa yang mengalami kesulitan pembiayaan studi dapat menyelesaikan studinya dengan baik

1. Beasiswa Prestasi Akademik; diberikan kepada mahasiswa yang memenuhi kriteria 3 S (Sarjana, Suci, Setia) tiap akhir tahun ajaran.
2. Beasiswa Umum; diberikan kepada mahasiswa yang membutuhkan pembiayaan studi dengan cara mengajukan aplikasi kepada biro Sponsorship.
3. Beasiswa dari mitra STTII; diberikan oleh mitra STTII Yogyakarta (alumni, gereja kerja sama maupun LSM) yang dikelola oleh biro Sponsorship.